答：可以。
此时的违约金由于双方未发生增值纳税义务，不属于应税项目。A公司收到违约金后，应向化肥厂开具收款收据，化肥厂可以以此作为税前扣除凭证。
解析：企业在境内发生的支出项目不属于应税项目的，对方为单位的，以对方开具的发票以外的其他外部凭证作为税前扣除凭证；对方为个人的，以内部凭证作为税前扣除凭证。
企业在境内发生的支出项目虽不属于应税项目，但按税务总局规定可以开具发票的，可以发票作为税前扣除凭证。
政策依据
《国家税务总局关于发布<企业所得税税前扣除凭证管理办法>的公告》（国家税务总局公告2018年第28号）