答：公司抬头的电子运输发票，可以抵扣。
政策依据：
《财政部 税务总局 海关总署关于深化增值税改革有关政策的公告》(财政部 税务总局 海关总署公告2019年第39号)
六、纳税人购进国内旅客运输服务，其进项税额允许从销项税额中抵扣。(一)纳税人未取得增值税专用发票的，暂按照以下规定确定进项税额：1.取得增值税电子普通发票的，为发票上注明的税额。