答：《财政部国家税务总局关于非货币性资产投资企业所得税政策问题的通知》(财税〔2014〕116号)第一条规定：居民企业(以下简称企业)以非货币性资产对外投资确认的非货币性资产转让所得，可在不超过5年期限内，分期均匀计入相应年度的应纳税所得额，按规定计算缴纳企业所得税。
第二条规定，企业以非货币性资产对外投资，应对非货币性资产进行评估并按评估后的公允价值扣除计税基础后的余额，计算确认非货币性资产转让所得。企业以非货币性资产对外投资，应于投资协议生效并办理股权登记手续时，确认非货币性资产转让收入的实现。
《财政部国家税务总局关于促进企业重组有关企业所得税处理问题的通知》(财税〔2014〕109号)第三条规定：对100%直接控制的居民企业之间，以及受同一或相同多家居民企业100%直接控制的居民企业之间按账面净值划转股权或资产，凡具有合理商业目的、不以减少、免除或者推迟缴纳税款为主要目的，股权或资产划转后连续12个月内不改变被划转股权或资产原来实质性经营活动，且划出方企业和划入方企业均未在会计上确认损益的，可以选择按以下规定进行特殊性税务处理：
1、划出方企业和划入方企业均不确认所得。
2、划入方企业取得被划转股权或资产的计税基础，以被划转股权或资产的原账面净值确定。划入方企业取得的被划转资产，应按其原账面净值计算折旧扣除。
《国家税务总局关于资产(股权)划转企业所得税征管问题的公告》(国家税务总局公告2015年第40号)第一条第(一)项规定：《财政部国家税务总局关于促进企业重组有关企业所得税处理问题的通知》(财税〔2014〕109号)第三条所称“100%直接控制的居民企业之间，以及受同一或相同多家居民企业100%直接控制的居民企业之间按账面净值划转股权或资产”，限100%直接控制的母子公司之间，母公司向子公司按账面净值划转其持有的股权或资产,母公司获得子公司100%的股权支付。母公司按增加长期股权投资处理，子公司按接受投资(包括资本公积)处理。母公司获得子公司股权的计税基础以划转股权或资产的原计税基础确定。
《国家税务总局关于非货币性资产投资企业所得税有关征管问题的公告》(国家税务总局公告2015年第33号)第三条规定：符合财税〔2014〕116号文件规定的企业非货币性资产投资行为，同时又符合《财政部国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》(财税〔2009〕59号)、《财政部国家税务总局关于促进企业重组有关企业所得税处理问题的通知》(财税〔2014〕109号)等文件规定的特殊性税务处理条件的，可由企业选择其中一项政策执行，且一经选择，不得改变。
综上，你公司以在建工程的公允价值对全资子公司增资，在建工程权属发生改变需缴纳企业所得税，可适用财税〔2014〕116号文件规定在不超过5年期限内，分期均匀计入相应年度的应纳税所得额计算缴纳企业所得税;以在建工程的账面净值对全资子公司增资，同时获得子公司100%的股权支付，可适用财税〔2014〕109号文件规定选择特殊性税务处理，划出方企业和划入方企业在会计上均不确认损益以及在税法上均不确认所得，暂不缴纳企业所得税。同时符合财税〔2014〕116号文件规定的企业非货币性资产投资行为和财税〔2009〕59号、财税〔2014〕109号文件规定的特殊性税务处理条件的，可由企业选择其中一项政策执行，且一经选择，不得改变。