答：《财政部税务总局关于支持新型冠状病毒感染的肺炎疫情防控有关税收政策的公告》 (财政部税务总局公告 2020 年第 8 号)第二条规定，疫情防控重点保障物资生产企业可以按月向主管税务机关申请全额退还增值税增量留抵税额。
《财政部税务总局海关总署关于深化增值税改革有关政策的公告》(财政部税务总局海关总署公告 2019 年第 39 号)第八条第(六)点规定，纳税人取得退还的留抵税额后，应相应调减当期留抵税额。
国家税务总局 12366 纳税服务平台 2020 年 11 月发布的《疫情防控税收优惠政策热点问答(第十五期)》第 9 问“我们是疫情防控重点保障物资生产企业，向主管税务机关申请全额退还的增值税增量留抵税额是否需要计入企业收入缴纳企业所得税?”答复如下，退还的增值税增量留抵税额不需要计入收入总额，不需要缴纳企业所得税。
综上，你公司向主管税务机关申请全额退还的增值税增量留抵税不需要计入收入总额，不需要缴纳企业所得税。