答：在增值税上，由于互相开票了，因此总分公司应按规定分别确认增值税销售额。
分公司属于总公司的一个分支机构，不具备独立法人资格。总分公司之间的商品交易，并不能给公司所有者带来经济利益的总流入，因此会计处理上不能确认为收入。即：总分公司之间的交易，在会计上不能确认为收入。总分公司作为统一法人主体，彼此之间的商品调拨，并没有改变商品所有权的归属，没有失去对商品的所有权和控制权，因此不能确认为企业所得税收入。