答：可以的。
根据财税[2016]36号文附件1第四十六条以及《增值税暂行条例》第二十二条第一款规定，总机构和分支机构不在同一县（市）的，应当分别向各自所在地的主管税务机关申报纳税；经财政部和国家税务总局或者其授权的财政和税务机关批准，可以由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报纳税。故，总公司为一般纳税人，其分公司可以是小规模纳税人。