答：需要看工资由谁发放。
若是分公司的员工工资奖金由分支机构支付发放，则个税是由分支机构申报缴纳。
如果员工工资是由总公司直接支付的，应由总公司代扣代缴个人所得税。
参考：
《个人所得税法》第八条规定：“个人所得税以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人”。