答：企业申请鼓励类产业税收优惠采取“自行判别、申报享受、相关资料留存备查”的方式，即企业根据自身情况自行判断是否符合条件、自行申报税收优惠并根据要求留存备查资料。
税务机关在工作中发现申报享受鼓励类产业优惠的企业不符合要求的，应与企业充分协商，企业不认可税务机关意见的，税务机关将争议事项上报至海南省税务局，省税务局收到争议事项后，应在规定时限内完成确认工作并将结果告知纳税人。
涉及实质性运营的争议事项，由海南省税务局对企业生产经营、人员、账务、财产等是否实施实质性全面管理和控制进行确认。
涉及主营业务是否属于海南自由贸易港鼓励类产业目录的争议事项，由海南省税务局先行判断，能够界定的应于10个工作日内完成确认工作。税务部门与企业就主营业务是否属于海南自由贸易港鼓励类产业目录出现争议且省税务局难以界定时，由海南省税务局提交海南省发展改革委界定并出具意见。