不论农民工工资由谁代发，其所得收入的个人所得税的扣缴义务人均为对所得的支付对象和支付数额有决定权的单位。
参考一：
《中华人民共和国个人所得税法》(2018年修正)
第九条 个人所得税以所得人为纳税人，以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人。
参考二：
国税函发[1996]602号《国家税务总局关于个人所得税偷税案件查处中有关问题的补充通知》
第三条、关于扣缴义务人的认定：按照个人所得税法的法规，向个人支付所得的单位和个人为扣缴义务人。由于支付所得的单位和个人与取得所得的人之间有多重支付的现象，有时难以确定扣缴义务人。为保证全国执行的统一，现将认定标准规定为：凡税务机关认定对所得的支付对象和支付数额有决定权的单位和个人，即为扣缴义务人。
参考三：
《保障农民工工资支付条例》第三十一条 工程建设领域推行分包单位农民工工资委托施工总承包单位代发制度。
分包单位应当按月考核农民工工作量并编制工资支付表，经农民工本人签字确认后，与当月工程进度等情况一并交施工总承包单位。
施工总承包单位根据分包单位编制的工资支付表，通过农民工工资专用账户直接将工资支付到农民工本人的银行账户，并向分包单位提供代发工资凭证。