公司做为工资个税的代扣代缴义务人，肯定承担相应的法律责任。具体分为以下情形：
1. 已扣未按时缴纳的，税务机关责令公司改正，并处罚款。如果是虚假申报，少报则构成偷税。补缴税款，滞纳金和罚款，构成犯罪的，追究刑事责任。税局不会向个人追缴。
2. 未扣未缴的，税务机关向纳税人追缴税款，并向公司处以罚款。实操上，税务机关会责令公司补充申报，或者通过次年的个人所得税汇算清缴多退少补。
参考政策：
《税收征管法》