根据《印花税法》第六条规定：“应税合同、产权转移书据未列明金额的，印花税的计税依据按照实际结算的金额确定。《国家税务总局关于实施<中华人民共和国印花税法>等有关事项的公告》（国家税务总局公告2022年第14号）第一条第二款规定“应税合同、产权转移书据未列明金额，在后续实际结算时确定金额的，纳税人应当于书立应税合同、产权转移书据的首个纳税申报期申报应税合同、产权转移书据书立情况，在实际结算后下一个纳税申报期，以实际结算金额计算申报缴纳印花税”。
因此，该建筑企业应在签订未确定金额的建设工程合同后的首个纳税申报期进行零申报；在实际计算后下一个纳税申报期，以实际结算金额乘以万分之三的税率计算缴纳建设工程合同印花税。