因此，公司签订的合同若分别列明货物运输费用和仓储费，应分别以万分之三和千分之一的税率计算缴纳运输合同印花税；若未分别列明金额，则应从高适用千分之一税率计算缴纳印花税。
政策参考：
根据《中华人民共和国印花税法》第九条规定，同一应税凭证载有两个以上税目事项并分别列明金额的，按照各自适用的税目税率分别计算应纳税额；未分别列明金额的，从高适用税率。