1.系统会自动扫描并比对，如有不符，会提示，且不能申报；
2.企业所得税汇算清缴填报的主表前半部分数据，以及收入、成本和期间费用等报表的数据就是直接根据企业的会计报表数据填报。
然后，对存在税法规定与会计核算有差异的，才从A105000表开始填报差异调整，最后产生的纳税调整结果自动生成到主表的后半部分，最终计算出应纳税所得额和应纳税金。
因此，企业提前向税务局申报的年度会计报表，后来如果因为经过审计或发现差错等而调整更改了会计报表的，应在汇算清缴前先更正申报会计报表，否则税务系统在提交年度汇算清缴申报表时会预警提示。