工厂的工作餐可能不是免费的，或者是企业给予了一定的补贴。
比如，工厂按照实际出勤的天数给予20元/天的工作餐补贴，依照《个人所得税法实施条例》第六条规定，工资、薪金所得，是指个人因任职或者受雇取得的工资、薪金、奖金、年终加薪、劳动分红、津贴、补贴以及与任职或者受雇有关的其他所得，因此，企业就应该作为工资薪金所得履行个人所得税的扣缴义务。
工厂在给了餐补并加在工资中，员工在工厂餐厅实际去吃了，当然就要扣回。
还有一种可能，就是工厂的餐厅是外包给第三方的餐饮公司的，工厂从员工工资中扣回的餐费需要给第三方去结算。