农民专业合作社是具有法人资格的，也是企业所得税的纳税主体。
虽然农民专业合作社多数是从事农业项目，可以享受免征企业所得税的减免优惠政策，但是不一定全部是免征企业所得税。
《农民专业合作社法》第四十四条规定：“在弥补亏损、提取公积金后的当年盈余，为农民专业合作社的可分配盈余。可分配盈余主要按照成员与本社的交易量(额)比例返还。可分配盈余按成员与本社的交易量(额)比例返还的返还总额不得低于可分配盈余的百分之六十;返还后的剩余部分，以成员账户中记载的出资额和公积金份额，以及本社接受国家财政直接补助和他人捐赠形成的财产平均量化到成员的份额，按比例分配给本社成员。”
同样，在农民专业合作社工作的员工，取得的工资薪金，需要按规定缴纳个人所得税。
对于合作社向社员采购的农产品，可以视同自产自销农产品，支付给社员的款项，为内部交易，不需要缴税。
因此，农民专业合作社付款给社员的，需要区分款项的性质，涉及到需要缴纳个人所得税的，必须依法扣缴并全员全额申报。
在农民专业合作社可以将公账上的钱转给个人，但是必须依法履行了个人所得税的扣缴与全员全额申报。