《财政部 税务总局 海关总署关于深化增值税改革有关政策的公告》（财政部 税务总局 海关总署公告2019年第39号）第六规定，纳税人购进国内旅客运输服务，其进项税额允许从销项税额中抵扣。
（一）纳税人未取得增值税专用发票的，暂按照以下规定确定进项税额：
……4.取得注明旅客身份信息的公路、水路等其他客票的，按照下列公式计算进项税额：
公路、水路等其他旅客运输进项税额=票面金额÷（1+3%）×3%
根据上述规定，取得水路客船发票，以票面金额换算为不含税金额乘以3%计算抵扣的进项税。