你的理解不对。滴滴是一般纳税人，提供的是运输服务，正常情况下一般纳税人税率是9%，采用简易计税，税率3%。所以发票上显示的3%是简易计税的税率，并不是小规模纳税人。
根据规定，滴滴电子普票是可以按照票面注明税率进行进项抵扣。
参考政策：
《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）
《财政部、税务总局、海关总署关于深化增值税改革有关政策的公告》(财政部、税务总局、海关总署公告2019年第39号)