判断看合同中对机器控制权的约定。如果使用时已经转移给你们了，应按合同约定的价格确认固定资产，未支付的款项确认为负债。
验收后发现质量问题，对方予以补偿或扣款的，可以先用于弥补企业因产品质量问题造成的损失，比如给客户的赔偿款、停产损失等；如有多余的，则剩余部分再冲减固定资产成本。
需要注意的是，如果定制机器是专用于某个客户，不具有通用性的话，不建议计入固定资产，可以确认为其他非流动资产，或者长期待摊费用。