《国家税务总局关于行政机关应扣未扣个人所得税问题的批复》（国税函[2004]1199号）第三条：按照《税收征管法》规定的原则，扣缴义务人应扣未扣税款，无论适用修订前还是修订后的《税收征管法》，均不得向纳税人或扣缴义务人加收滞纳金。
除了这个文件明确提到查补的扣缴税款不加收滞纳金，另外《税收征管法》第六十九条也从侧面印证了这个观点。《税收征管法》第六十九条规定：扣缴义务人应扣未扣、应收而不收税款的，由税务机关向纳税人追缴税款，对扣缴义务人处应扣未扣、应收未收税款百分之五十以上三倍以下的罚款。
以上规定针对的是“扣缴义务人应扣未扣”，因为扣缴义务人本身也没有收到税款，不存在滞纳的情况，所以才不需要计算并缴纳滞纳金。